W 1595 roku król Zygmunt III objął patronat i obowiązki głównego fundatora budowy kościoła jezuitów w Krakowie. Niedługo później, w Rymie, powstał plan świątyni (jego autorstwo wiązane jest z Giovannim de Rossis, generalnym nadzorcą budowli jezuickich), a w 1597 roku położono kamień węgielny pod jej budowę. Pracami kierował wówczas Józef Brizio, budowniczy związany z zakonem jezuitów i nadzorujący przebieg realizacji wielu innych świątyń jezuickich na terenie Rzeczypospolitej. Jego obowiązki blisko dwa lata później przejął Giovanni Maria Bernardoni.